蘇州軌道交通有限公司成立于2002年5月。2007年5月，市委、市政府重組軌道公司。公司現有注冊資本32.79億元。經營范圍為軌道交通工程建設、軌道交通運輸服務、軌道交通項目投資與開發。
作為直屬市政府領導的大型企業，軌道公司與蘇州市軌道交通工程建設指揮部合署辦公，現設7個職能處室和3家分公司。截止2011年底，公司共有員工1461人。
自2007年12月26日開工建設蘇州軌道交通1號線以來，公司安全、優質、高效地推進1號線建設。2009年12月25日，開工建設了蘇州軌道交通2號線。在四年的軌道交通工程建設中，公司積累了寶貴的經驗，截止2011年底，1號線已順利實現“洞通”、“軌通”、“電通”等重大節點目標，進入試運行階段。2號線土建工程進度已超過八成。
公司始終堅持“民心工程、共建和諧”導向，以文明施工為管理主線，不斷加強現場管理，盡可能減少施工影響，得到了廣大市民的一致贊譽。自2007年起，蘇州軌道交通工程連續五年被評為“蘇州十大民心工程”。